CỤC HẢI QUAN TỈNH ĐẮK LẮK được thành lập theo Quyết định số 237/TCHQ-TCCB ngày 04/6/1990 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan, với nhiệm vụ chính là tổ chức thực hiện pháp luật về hải quan trên địa bàn tỉnh Đắk Lắk (hiện nay là 03 tỉnh: Đắk Lắk, Đắk Nông và Lâm Đồng). 

TỔ CHỨC BỘ MÁY, NHÂN SỰ
 Sau gần 20 năm xây dựng và phát triển, đến nay Cục Hải quan Đắk Lắk có 86 người, bộ máy tổ chức có 02 đơn vị tham mưu, 05 đơn vị trực thuộc gồm: 
     1- Văn phòng (Tổ chức, hành chính, tài vụ quản trị).
     2- Phòng Nghiệp vụ. 
     3- Đội Kiểm soát Hải quan.
     4- Chi cục Kiểm tra sau thông quan.
     5- Chi cục Hải quan Buôn Ma Thuột.
     6- Chi cục Hải quan Đà Lạt.
     7- Chi cục Hải quan cửa khẩu Buprăng.

THÀNH TỰU ĐÃ ĐẠT TRONG 05 NĂM QUA:
     - Duy trì tốt khối đoàn kết nội bộ tốt, kỷ luật, kỷ cương hành chính nghiêm minh, nhiều năm liên tục đơn vị không để xảy ra tham nhũng, tiêu cực, hoặc có hành vi gây phiền hà, sách nhiễu doanh nghiệp, khách hàng làm ảnh hưởng đến uy tín của Ngành, đơn vị.
     - Thực hiện tốt công tác cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hoá Hải quan giai đoạn 2004 - 2007 và giai đoạn 2008 - 2010; đẩy mạnh và ứng dụng hiệu quả CNTT trong các lĩnh vực công tác; cuối năm 2007, Cục Hải quan Đắk Lắk đã triển khai thực hiện  khai báo hải quan từ xa qua mạng, đến nay có gần 90% doanh nghiệp XNK trên địa bàn đăng ký tham gia.
     - Cục Hải quan Đắk Lắk luôn tổ chức thực hiện tốt pháp luật về hải quan, về thuế và các pháp luật khác có liên quan, tiếp nhận, giải quyết thủ tục hải quan, thông quan hàng hoá nhanh chóng, thuận lợi, không để ách tắc, chậm trễ được cộng đồng doanh nghiệp và chính quyền địa phương đánh giá cao và ủng hộ.
     - Đơn vị triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001: 2000 trong công tác quản lý, điều hành và giải quyết thủ tục hải quan.
     - Trong 5 năm qua (2004 - 2008), Cục Hải quan Đắk Lắk đã giải quyết thủ tục hải quan cho 32.041 tờ khai hàng hoá XNK, kim ngạch đạt 1.490 triệu USD; 28.793 lượt hành khách, 9.078 lượt phương tiện XNC; thu trên 60 tỷ đồng tiền thuế nộp vào NSNN. 6 tháng đầu năm 2009, đã giải quyết thủ tục 3.971 tờ khai, kim ngạch đạt 201 triệu USD; 1.882 lượt hành khách, 511 lượt phương tiện XNC; thu thuế đạt đạt 95,5% chỉ tiêu kế hoạch cả năm 2009.

KHEN THƯỞNG GIAI ĐOẠN 2004-2008:
     - 04 năm liên tục là đơn vị xuất sắc.
    - 02 năm liên tục là đơn vị dẫn đầu khối thi đua của Tỉnh, được Chủ tịch tặng cờ thi đua năm 2007, 2008.
     - 01 Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2007.
     - 02 Bằng khen của Bộ Tài chính năm 2006, 2007.
     - 02 Bằng khen của UBND tỉnh Đắk Lắk năm 2005, 2006.
     - Nhiều Giấy khen của Tổng cục Hải quan.